Экспорт:
appcmd list site /name:siteName /config /xml > d:\siteName.xml
Импорт:
appcmd add sites /in < c:\siteName.xml
Не забываем создавать, если нужно, соответствующий application pool.
При импоте может быть ошибка, вызванная дублированием ID сайта. В этом случае просто меняем ID в xml-файле.